Trong khi Đức Mẹ Fatima hiện ra giữa tháng 5 và tháng 10 năm 1917, Đức Trinh nữ Maria trao cho ba trẻ chăn chiên ba bí mật.

Bí mật đầu tiên là một thị kiến về hỏa ngục vốn rất gây sốc cho ba trẻ nhỏ. Sau đó, các em thành tâm cầu nguyện để các tội nhân được hoán cải. Dù thị kiến này xảy ra khoảnh khắc chỉ một lần, nhưng cũng đủ để ta nhớ mãi. Lời tiên tri vĩ đại nhất này  nhắc nhớ rằng:
“Có ma quỷ và có các linh hồn rơi vào biển lửa khủng khiếp với những tiếng khóc than đau đớn và tiếng kêu ngào tuyệt vọng. Nó gây nên nỗi kinh khiếp và khiến họ run rẩy sợ hãi.”

Bí mật thứ hai là bí mật tiên tri. Đức Maria nói với các trẻ chăn cừu rằng nếu con người tiếp tục xúc phạm đến Thiên Chúa, Chiến tranh thế giới thứ hai sẽ xảy ra. Mẹ cũng thông báo về sự sụp đổ của chế độ Cộng Sản, và hệ quả là Giáo Hội và Đức Giáo Hoàng bị bắt hại.

Để tránh ba tai họa này, Đức Mẹ đề nghị hãy thiết lập việc tôn sùng Trái Tim Vô Nhiễm Mẹ Maria trên toàn thế giới và chính đức Giáo Hoàng dâng nước Nga cho Mẹ vốn là điều ĐTC Gioan Phaolo II đã làm vào tháng 3 năm 1984.  

Bí mật thứ ba của Fatima gồm thị kiến khác. Các mục tử thấy một đức giám mục trong trang phục màu trắng vốn ám chỉ Đức Giáo Hoàng bị giết cùng với các linh mục, tu sĩ và giáo dân trong nhiều tầng lớp của xã hội.

Bí mật này đã sáng tỏ khi những bách hại mà Giáo hội phải chịu đau khổ trong suốt thế kỷ 20, đặc biệt dưới bàn tay Cộng Sản. Chính ĐTC Gioan Phaolo II nhận ra thị kiến này ngang qua cuộc tấn công ám sát ngài.

Dù những bí mật này nói về những sự kiện trong quá khứ, nhưng có một sợi chỉ xuyên suốt trong ba bí mật này là: Lời mời gọi tội nhân ăn năn hoán cải, bởi hành vi xấu xa của họ là nguyên do chính của tội ác trên thế giới. Đây là sứ điệp trường tồn của thông điệp Fatima.